Shumë persona që vuajnë nga problemet me stomakun nuk e kuptojnë se kafeja mund të jetë shkaku i shqetësimeve të tyre. Në vend që të fajësojnë pijet që konsumojnë, ata shpesh mendojnë se ushqimi është përgjegjës për dhimbjet dhe irritimet. Ekspertët paralajmërojnë se kafeina mund të përkeqësojë disa probleme të sistemit tretës dhe të shkaktojë parehati në stomak. Gjithashtu, edhe pse kafeja në sasi të vogla mund të ndihmojë në lehtësimin e dhimbjeve të kokës, konsumimi i tepërt i saj mund të ketë efekt të kundërt dhe të shkaktojë ose përkeqësojë këto dhimbje.